Après la victoire sur HYDRA et Alveus, et la signature des Accords de Sokovie, le SHIELD redevient une agence officielle de renseignement. Coulson a dû laisser son poste de directeur à Jeffrey Mace, qui a été nommé à la tête du SHIELD par le Président Ellis. L'agence doit faire face à l'apparition de spectres et doit travailler avec Ghost Rider pour contrer cette nouvelle menace. Parallèlement aux phénomènes paranormaux, une milice nommée les Watch Dogs se constitue dans le but de traquer et d'éliminer les Inhumains.