"צבי הנינג'ה" הוא עיבוד מחודש לסדרת סרטי הפעולה משנות ה-90 בכיכובם של הצבים חובבי הפיצה. העיר ניו יורק מוצאת את עצמה תחת שלטונו הקודר של שרדר. לשרדר ולכנופיית הרגל שלו יש אחיזה איתנה בפוליטיקאים ובצמרת המשטרה. העתיד אינו נראה זוהר, עד שארבעה אחים ירוקים ומשונים מגיעים להציל את העיר מתוכניתו הזדונית של שרדר, בעזרתה של הכתבת חסרת הפחד, אפריל אוניל והצלם שלה, ורן.