אגדות מתנגשות ב-"גודזילה נגד קונג" כאשר היריבים המיתולוגיים הענקיים נפגשים בקרב מרהיב על המסך הגדול. קונג וחבורת הרפתקנים יוצאים למסע מסוכן למצוא את ביתו האמיתי במעמקי האדמה, ואיתם ג'יה, נערה יתומה צעירה שיצרה קשר ייחודי עם הענק העוצמתי. אבל הם מוצאים עצמם בדרכה של גודזילה שיוצאת למתקפה הרסנית ותופסת את העולם לא מוכן. ההתנגשות האפית בין שני הטיטאנים היא רק תחילתה של התעלומה הטמונה עמוק בתוך ליבת כדור הארץ.